„კავკასიურ სახლში“ მოქმედებს ოთხი სტრატეგიული პროგრამა. პროგრამები უზრუნველყოფენ ორგანიზაციის სტრატეგიის თანმიმდევრულ და მიზანმიმართულ განხორციელებას, ხელს უწყობენ ორგანიზაციას საქმიანობის სტრუქტურიზებასა და შედეგების შეფასებას, ასევე პარტნიორების მოძიებას. პროგრამების რეალიზებისათვის იწერება და ხორციელდება სხვადასხვა პროექტები.

1. კულტურულ-საგანმანათლებლო პროგრამა
   პროგრამის მიზანი:
   საქართველოში კრიტიკული აზროვნებისა და ლიტერატურული პროცესების სტიმულირება; ინოვაციების შეტანა აღმზრდელობით–საგანმანათლებლო, ბავშვთა და მოზარდთა ფსიქოლოგიური რეაბილიტაციის სფეროში; დასავლეთ–აღმოსავლეთის მხატვრული, სამეცნიერო თუ ფილოსოფიურ-თეოლოგიური ტექსტების თარგმნა.
2. კავკასიის კვლევის პროგრამა
   პროგრამის მიზანი:
   საქართველოს თანმიმდევრული და ეფექტიანი კავკასიური პოლიტიკის ფორმირების ხელშეწყობა; კავკასიაში არსებული ვითარების მუდმივი ანალიზი და შესაბამისი რეკომენდაციების მომზადება.
3. სამშვიდობო პოლიტიკისა და უმცირესობების ინტეგრაციის ხელშეწყობის პროგრამა
   პროგრამის მიზანი:
   რეგიონში არსებული კონფლიქტების მშვიდობიანი ტრანსფორმაციისა და უმცირესობათა ინტეგრაციის ხელშეწყობა, სახალხო დიპლომატიისა და კულტურულ–საგანმანათლებლო პროექტების მეშვეობით. პროგრამის საქმიანობების დაგეგმვა ეყრდნობა კვლევების შედეგად გაკეთებულ პოლიტიკის ანალიზს.
4. გარემოს დაცვის პროგრამა
   პროგრამის მიზანი:
   საქართველოსა და კავკასიის რეგიონის მდგრადი და სოციალურად სამართლიანი განვითარების ხელშეწყობა; რეგიონის უნიკალური ბუნების დაცვა და შენარჩუნება საგანმანთლებლო, კულტურული, სათემო და ეკონომიკური პროექტების განხორციელებით.