„კავკასიური სახლი“ გამოყოფს სამ სამუშაო სტრატეგიულ პროგრამას. პროგრამები უზრუნველყოფენ ორგანიზაციის სტრატეგიის თანმიმდევრულ და მიზანმიმართულ განხორციელებას. ხელს უწყობენ ორგანიზაციას საქმიანობის სტრუქტურიზებაში და შედეგების შეფასებაში, ასევე სტრატეგიული პარტნიორების მოძიებაში. პროგრამების რეალიზებისათვის იწერება და ხორციელდება სხვადასხვა პროექტები.

  1. კულტურულ-საგანმანათლებლო პროგრამა
    პროგრამის მიზანი:
    საქართველოში კრიტიკული აზროვნებისა და ლიტერატურული პროცესების სტიმულირება; ინოვაციები აღზმრდელობით–საგანმანათლებლო სფეროში, ბავშვთა და მოზარდთა ფსიქოლოგიური რეაბილიტაციის სფეროში; დასავლეთ–აღმოსავლეთის მხატვრული, სამეცნიერო თუ ფილოსოფიურ-თეოლოგიური ტექსტების თარგმნა;
  2. კავკასიური კვლევის პროგრამა
    პროგრამის მიზანი:
    პროგრამის გრძელვადიანი მიზანია ხელი შეუწყოს საქართველოს თანმიმდევრული და ეფექტიანი კავკასიური პოლიტიკის ფორმირებას –კავკასიაში არსებული ვითარების მუდმივი ანალიზისა და შესაბამისი რეკომენდაციების მომზადების საშუალებით.
  3. სამშვიდობო პოლიტიკისა და უმცირესობების ინტეგრაციის ხელშეწყობის პროგრამა
    პროგრამის მიზანი:
    რეგიონში არსებული კონფლიქტების მშვიდობიანი დარეგულირებისა და უმცირესობათა ინტეგრაციის ხელშეწყობა, სახალხო დიპლომატიისა და კულტურულ–საგანმანათლებლო პროგრამების მეშვეობით.სამშვიდობო პოლიტიკისა და უმცირესობების ინტეგრაციის ხელშეწყობის პროგრამა მუშაობს კავკასიური კვლევების პროგრამასთან მჭიდრო თანამშრომლობით. პროგრამის საქმიანობების დაგეგმვა ხდება კვლევებიდან მიღებული საჭიროებების მიხედვით. პროგრამა მუდმივად ეყრდნობა კვლევების შედეგად გაკეთებული პოლიტიკის ანალიზს.